Ta không biết mấy về quãng đời này của Diego de Almagro ngoài vài mảnh thông tin sau đây:

Ông sinh năm 1475 tại Almagro, Ciudad Real.[3] Tên họ của ông được đặt theo tên ngôi làng vì ông là con ngoài giá thú của Juan de Montenegro và Elvira Gutiérrez. Để bảo toàn danh dự cho mẹ ông, họ hàng bên ngoại gửi ông sang thị trấn kề bên là Bolaños de Calatrava để được nuôi bởi Sancha López del Peral, sau này di chuyển tới Aldea del Rey.

Năm lên 4, ông trở lại Almagro và được dạy dỗ bởi một người chú tên Hernán Gutiérrez. Năm 15 tuổi, ông bỏ nhà ra đi vì bị người chú ngược đãi. Ông đến thăm người mẹ ruột, hiện đang sống với người chồng mới, để kể cho bà nghe những gì đã xảy ra và dự định đi ngao du thế giới của ông, và cũng để xin một ít bánh mì lót dạ. Mẹ của ông đau khổ, đưa cho ông mẩu bánh mì và ít tiền xu rồi nói: "Giữ lấy, con trai, đừng gây thêm rắc rối cho mẹ, và hãy đi đi, và mong Chúa sẽ giúp con trong cuộc phiêu lưu của con." [Toma, hijo, y no me des más presión, y vete, y ayúdate de Dios en tu aventura]

Ông đến Sevilla và có lẽ hành nghề ăn trộm để tồn tại, Almagro trở thành hầu cận của Don (Ngài) Luis Gonzalez de Polanco, một trong bốn Alcaldes de la Casa y Corte de Su Majestad và sau đó là Cố vấn của Quân chủ Công giáo. Thời gian ở Sevilla (hoặc Toledo theo Kim MacQuarrie), Almagro đâm trọng thương một người trong lúc tranh cãi khiến ông bị xét xử trước tòa.

Don Luis thuyết phục Don Pedro Arias Dávila tha bổng và cho phép Almagro lên một trong những con tàu sang Tân Thế giới từ cảng Sanlucar de Barrameda. Casa de Contratacion (cơ quan hoàng gia của Đế quốc Tây Ban Nha) yêu cầu những kẻ vượt Đại Tây Dương phải tự chu cấp vũ khí, quần áo và nông cụ của riêng họ. Việc này đã được Don Luis lo liệu hết cho Almagro.